医療費控除は年末調整ではできない
医療費控除は年末調整では手続きできません。年末調整は会社が従業員に代わって行う税務手続きですが、対応できる控除の種類は限られており、医療費控除はその対象外です。翌年2月16日〜3月15日の確定申告期間中に、自分で税務署またはe-Taxで申告する必要があります。会社員・パート・アルバイトの方も同様に、自分で申告しなければ控除を受けることができません。
医療費控除とは？仕組みをわかりやすく解説
医療費控除とは、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費の合計が一定額を超えた場合に、超えた分を所得から差し引くことができる制度です。所得が減ることで課税対象額が下がり、結果として納めすぎた税金が還付されます。
控除できる金額は「実際に支払った医療費 − 保険金などで補填された金額 − 10万円（所得200万円未満の場合は所得の5%）」で計算します。家族全員分（生計を一にする配偶者・子ども・親など）の医療費を合算して申告できるため、一人ひとりの費用が少なくても合算で10万円を超えることがあります。
医療費控除の対象になるもの・ならないもの
医療費控除の対象かどうか迷いやすい費用を表にまとめました。
| 費用の種類 | 対象 | 備考 |
|---|---|---|
| 病院・クリニックの診察費・治療費 | ○ | 保険診療・自由診療ともに対象 |
| 処方薬・市販薬（治療目的） | ○ | 医師の処方・治療目的の市販薬が対象 |
| 入院費（食事代含む） | ○ | 差額ベッド代は基本的に対象外 |
| 歯科治療費（虫歯・歯周病など） | ○ | 審美目的（ホワイトニング等）は対象外 |
| 出産費用（分娩・入院） | ○ | 出産育児一時金を差し引いた実費分 |
| 通院のための交通費（電車・バス） | ○ | マイカー通院のガソリン代は対象外 |
| 介護サービス費（訪問介護など） | ○ | 一定の介護保険サービスが対象 |
| 美容整形 | ✕ | 治療目的でない美容目的は対象外 |
| 健康増進サプリ・ビタミン剤 | ✕ | 予防・健康維持目的は対象外 |
| 人間ドック（異常なし） | ✕ | 異常が見つかり治療に進んだ場合は対象 |
| 予防接種（インフルエンザ等） | ✕ | 予防目的のため原則対象外 |
| メガネ・コンタクトレンズ | ✕ | 治療用（弱視矯正用）は例外的に対象 |
年末調整と確定申告の違い
「年末調整」と「確定申告」は混同されがちですが、目的と手続きの主体が異なります。年末調整は会社が従業員に代わって行う手続きで、毎月の給与から天引きされた所得税の過不足を年末に精算するものです。一方、確定申告は個人が自ら1年間の所得・控除・納税額を計算し、税務署に申告するものです。
医療費控除・ふるさと納税（寄附金控除）・住宅ローン控除（初年度）・雑損控除などは確定申告でのみ受けられる控除です。会社員であっても、これらの控除を受けたい場合は自分で確定申告を行う必要があります。
確定申告で医療費控除を受ける流れ
医療費控除の申告は、次の手順で進めます。
- 領収書・明細書を集める：1月〜12月分の医療費領収書をすべて保管しておきます。医療保険などで補填された金額がある場合は、その金額も確認しておきましょう。
- 「医療費控除の明細書」を作成する：国税庁のホームページや確定申告書作成コーナーを使って明細書を作成します。医療費の合計・補填金額・控除額を計算します。
- 確定申告書を作成・提出する：e-Tax（スマホ・PCどちらも可）または税務署窓口で申告します。領収書は5年間の保管義務があります（提出は不要ですが求められることがあります）。
- 還付金を受け取る：申告後1〜2か月程度で、指定した口座に還付金が振り込まれます。
還付される金額の目安は「控除額 × 所得税率」です。たとえば医療費が15万円かかり、所得税率が10%の場合、(15万円 − 10万円) × 10% ＝ 5,000円の還付が見込まれます。
セルフメディケーション税制とは？医療費控除との違いを比較
セルフメディケーション税制とは、健康診断や予防接種などの「健康維持への取り組み」を行っている人が、特定の市販薬（スイッチOTC医薬品）を年間1万2,000円を超えて購入した場合に、超えた分（最大8万8,000円）を所得から控除できる制度です。
通常の医療費控除との併用はできないため、どちらで申告するか事前に比較・検討することが大切です。以下の比較表を参考にしてください。
| 比較項目 | 医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 控除の対象 | 病院・薬局・入院など医療全般 | 特定のスイッチOTC医薬品のみ |
| 控除の開始ライン | 10万円超（所得200万円未満は所得の5%超） | 1万2,000円超 |
| 控除上限額 | 上限なし（実費−10万円） | 最大8万8,000円 |
| 申告の要件 | 特になし | 健康診断・予防接種等の受診が必要 |
| 家族分の合算 | 可（生計を一にする家族） | 可（生計を一にする家族） |
| 向いているケース | 医療費が多くかかった年（入院・出産など） | 医療費は少ないが市販薬をよく使う人 |
一般的に、病院への通院・入院・出産などで医療費が10万円を超えた年は「医療費控除」が有利です。一方、大きな医療費はないが風邪薬や胃腸薬など市販薬をよく購入する方は「セルフメディケーション税制」を検討してみましょう。
よくある疑問Q&A
Q. 領収書を失くしてしまった場合はどうなる？
A. 領収書がない費用は原則として申告できません。医療機関によっては再発行が可能な場合もあるので、早めに問い合わせましょう。クレジットカードの明細は補足書類になりますが、それだけでは認められないこともあります。
Q. 共働き夫婦はどちらが申告すべき？
A. 所得税率が高い（所得の多い）方が申告すると、控除による節税効果が大きくなります。医療費は生計を一にする家族全員分を一人がまとめて申告できるため、どちらで申告するか事前に確認しましょう。
Q. 過去の年の医療費は申告できる？
A. 医療費控除の還付申告は、5年前までさかのぼって申告できます（例：2026年に申告できるのは2021年分まで）。過去に申告し忘れた年がある場合は、確定申告期間外でも申告可能です。
まとめ
医療費控除は年末調整では受けられず、翌年の確定申告が必要です。病院・薬局・入院・出産など幅広い費用が対象になるため、1年間の領収書はまとめて保管しておくことが大切です。e-Taxを活用すれば自宅から簡単にオンライン申告でき、申告後1〜2か月で還付金が受け取れます。
また、医療費が少ない年でも、市販薬の購入額によってはセルフメディケーション税制が利用できる場合があります。それぞれの制度のメリット・条件をしっかり確認し、自分の状況に合った申告方法を選びましょう。
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