年末調整の中でも特に担当者が迷いやすいのが、「年の途中で入社した社員」や「年の途中で退職した社員」への対応です。前職の源泉徴収票の取り扱いや、退職後の手続きをどうするかは、間違えると本人の税額に直接影響します。
この記事では、中途入社・退職した社員の年末調整の扱い方を、ケース別にわかりやすく解説します。
年途中で入社した社員の年末調整
前職がある場合：源泉徴収票の回収が必須
年の途中で入社した社員に前職がある場合、前職分の給与を含めて年末調整を行う必要があります。そのために、前職の会社が発行した「給与所得の源泉徴収票」を必ず回収しましょう。
源泉徴収票には、前職での支給額・社会保険料・源泉所得税の累計が記載されています。これを現職の給与データと合算して年末調整を行うことで、1年間の正確な税額が計算できます。
担当者として注意したいのは、「入社時に源泉徴収票を提出してもらう」という手順を忘れないことです。年末調整の時期に「前職の源泉徴収票が見つからない」というケースは少なくないため、入社時のチェックリストに組み込んでおくとよいでしょう。
前職の源泉徴収票が間に合わない場合
前職の源泉徴収票が年末調整に間に合わない場合は、前職分を含めずに年末調整を行うことができません。この場合、社員本人が確定申告で精算することになります。その旨を本人に伝え、確定申告の案内をしておきましょう。
当年中に就職前の期間がある場合
新卒入社の場合や、一定期間無職だった後に入社した場合でも、当年中に収入があった期間があれば年末調整の対象になります。前職がなければ、現職の給与だけで年末調整を行います。
年途中で退職した社員への対応
原則：退職者は年末調整の対象外
年の途中で退職した社員については、原則として年末調整を行いません。退職後に別の会社に入社していれば、転職先が年末調整を行います。退職後に就職しない場合は、翌年に本人が確定申告を行って税額を精算します。
例外：年末調整を行える退職者のケース
ただし、以下のケースに該当する場合は、退職時に年末調整を行うことができます（行うことが義務ではなく任意または適切な対応として）。
- 死亡退職をした場合
- 著しい心身の障害が原因で退職し、その後再就職の見込みがない場合
- 12月分の給与を受け取った後に退職した場合
- いわゆるパートタイマーなどで、年収が103万円以下で当年中に他の勤務先からの給与がない場合
上記以外の通常の年途中退職の場合は、退職時に年末調整は行わず、源泉徴収票を交付して本人に確定申告を案内するのが基本です。
退職者への源泉徴収票の交付
退職した従業員には、退職後1ヶ月以内に源泉徴収票を交付する義務があります（所得税法第226条）。電子交付でも可能です。本人が転職先で年末調整を受けるためや、確定申告のために必要となるため、忘れずに交付しましょう。
中途入社・退社が重なる場合の社会保険の注意点
年末調整とは別に、中途入社・退社時は社会保険料の取り扱いにも注意が必要です。退職月の社会保険料は原則として徴収しません（前月分までを控除）が、月末退職の場合は退職月も控除対象になります。また入社月の保険料は翌月から控除するのが通常の処理です。詳細は別記事「入社月・退社月の社会保険料の計算」をご参照ください。
担当者がやりがちなミスと対策
- 前職の源泉徴収票を回収し忘れる→ 入社時チェックリストに必ず含める
- 退職者に源泉徴収票を交付し忘れる→ 退職手続きのフローに組み込む
- 前職ありの社員を前職なしとして年末調整してしまう→ 入社時の申告書確認時に前職の有無を必ず確認する
- 年途中退職者に対して誤って年末調整を行ってしまう→ 退職理由・状況を確認してから対応を判断する
まとめ
中途入社・退職した社員の年末調整対応は、前職の源泉徴収票の扱いと退職者への対応の2点が主なポイントです。いずれも対応の遅れや漏れが本人の税額に直結するため、手続きのフローを整備して対応漏れを防ぐことが重要です。
不明な点は税務署や顧問税理士に確認しながら、正確な年末調整を進めましょう。
※この記事の情報は2026年5月時点のものです。
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