変形労働時間制とは？種類・要件・給与計算への影響をわかりやすく解説【給与計算担当者向け】

私が勤めている会社は運送業なのですが、繁忙期と閑散期がある業種のため変形労働時間制が採用されています。

何となく分かるようで分かりにくいこの制度。給与計算実務を行う上で残業代の扱いを間違えるとトラブルのもとになります。今回は「変形労働時間制」の基本から、導入要件・手続き・給与計算上の残業判定・よくある間違いまで、給与計算担当者が押さえておくべきポイントを徹底解説します。

１　変形労働時間制とは？通常の労働時間制との違い

まずは、基本として会社が従業員に法定で決められた範囲（1日8時間、週に40時間）を超えて労働をした場合、深夜（22：00～翌5：00）の勤務、休日労働（法定休日）に働いた場合には割増で賃金を支払うことになっています。

でも仕事内容的には、閑散期と繁忙期の差が激しい場合、労働時間を柔軟に調整することで労働時間を短縮させることができます。それを可能にしているのが「変形労働時間制」です。

通常の労働時間制と変形労働時間制の最大の違いは、「残業かどうかの判定基準」にあります。通常の労働時間制では、1日8時間・週40時間を超えた時点で時間外労働（残業）となります。一方、変形労働時間制では、あらかじめ定めたシフトや年間カレンダーに基づいて、特定の日や週に長く働いた場合でも、変形期間全体で平均した週労働時間が40時間以内に収まっていれば、法定の時間外労働に該当しないという仕組みです。

ただし、変形労働時間制はあくまでも「労使で取り決めたルールの範囲内」での柔軟化であり、際限なく残業させてよいというわけではありません。法律で定められた上限や要件を満たした上で、適切に運用することが求められます。

２　変形労働時間制の4つの種類

変形労働時間制には、大きく4つの種類があります。それぞれ対象期間や要件、使いやすい業種が異なります。まずは各制度の特徴を把握しましょう。

①1か月単位の変形労働時間制

1か月以内の期間を平均して1週間の労働時間を40時間以下になるように週単位で調整できる制度です。月ごとにシフトを組む小売業・飲食業・製造業などで広く活用されています。

たとえば、月の前半に繁忙が集中するケースでは、前半の週は1日10時間勤務・週6日勤務とし、後半の週は1日6時間勤務・週4日勤務という形で調整することができます。変形期間（1か月）を通算して週平均40時間以内に収まっていれば、法定時間外労働にはなりません。

この制度の特徴として、1日の労働時間の上限が法律上は明示されていませんが、実務上は安全衛生上の観点から長時間勤務とならないよう配慮が必要です。また、シフトは変形期間の開始前に確定・周知しておく必要があります。

②1年単位の変形労働時間制

1か月を超えて1年以内の期間を平均して、1週間当たりの労働時間が40時間以下になるように調整できる制度です。特定の日や週が法定労働時間を超えても労働させることができます。

運送業・建設業・観光業など、季節によって繁閑の差が大きい業種に向いています。年間カレンダーをあらかじめ作成し、繁忙期と閑散期の労働時間を調整します。

ただし、1年単位の変形労働時間制には法律上の上限規制があります。1日の労働時間は最大10時間、1週の労働時間は最大52時間（連続3週以上となる場合は48時間）が上限です。また、連続して労働させることができる日数は原則6日（特定期間は12日）という制限もあります。

さらに、労働させることができる日数にも年間の上限があり、280日（365日のうち、週休2日相当の85日を差し引いた日数）を超えることはできません。

③1週間単位の非定型的変形労働時間制

1週間単位で労働時間を調整する制度です。1日の労働時間を最大10時間まで延長することが可能で、1週間で40時間に収まるように調整します。

この制度は利用できる業種・規模が限定されており、「常時30人未満の労働者を使用する小売業・旅館・料理店・飲食店」のみが対象です。また、前週末（木曜日）までに翌週の各日の労働時間を書面で従業員に通知する義務があります。

シフトの柔軟性が高い反面、適用できる業種・規模が非常に限られているため、現状では使われる場面が少ない制度です。

④フレックスタイム制

清算期間（最大3か月以内）における総労働時間を予め決めて、その範囲内で日々の勤務時間を労働者が自由に決めることができる制度です。

コアタイム（必ず働かなければならない時間帯）とフレキシブルタイム（出退勤を自由に決められる時間帯）を設定するのが一般的ですが、コアタイムなしのフルフレックスとすることも可能です。

IT企業・研究機関・管理部門など、働く時間の自由度を高めたい職場に向いています。清算期間が1か月を超える場合は、労使協定の届出が必要です。また、清算期間を超えた場合の時間外労働の算定は月ごとに行う必要があり、計算方法が複雑になる点に注意が必要です。

３　導入するための要件・手続き

変形労働時間制を導入するためには、いくつかの法的要件を満たし、適切な手続きを踏む必要があります。要件を満たさずに運用してしまうと、変形労働時間制としての効力が認められず、通常の労働時間制と同様に扱われてしまうリスクがあります。その場合、過去にさかのぼって残業代が未払いと判断されることもあるため、手続き面は非常に重要です。

（1）労使協定または就業規則への規定

変形労働時間制を導入するためには、まず労使協定（36協定とは別）または就業規則に変形労働時間制の内容を定める必要があります。

1か月単位の変形労働時間制の場合、就業規則または労使協定のどちらかで定めることができます。就業規則に規定する場合は、就業規則の変更届を所轄の労働基準監督署に届け出ます。労使協定で定める場合は、協定書を労基署に届け出ます。

1年単位の変形労働時間制の場合は、必ず労使協定を締結した上で、所轄の労働基準監督署へ届け出ることが義務付けられています。就業規則への記載だけでは不十分です。

フレックスタイム制は、就業規則への規定と労使協定の締結が必要です。清算期間が1か月を超える場合は、労使協定の届出も必要です。

（2）協定・就業規則に定めるべき事項

労使協定や就業規則に記載しなければならない事項は、制度の種類によって異なります。

1か月単位の変形労働時間制で定める事項：①変形労働時間制を採用する旨、②変形期間（1か月以内）、③変形期間の起算日、④各日・各週の労働時間（シフト表等で特定）、⑤有効期間（労使協定の場合）

1年単位の変形労働時間制で定める事項：①対象となる労働者の範囲、②変形期間（1か月超1年以内）とその起算日、③変形期間の各日・各週の労働時間（年間カレンダー等で特定）、④労働させることができる日数の上限（280日以内）、⑤有効期間

フレックスタイム制で定める事項：①対象となる労働者の範囲、②清算期間（3か月以内）とその起算日、③清算期間における総労働時間（所定労働時間）、④標準となる1日の労働時間、⑤コアタイムの時間帯（設ける場合）、⑥フレキシブルタイムの時間帯（設ける場合）

（3）労働者への周知

変形労働時間制を有効に機能させるためには、対象となる労働者への周知が不可欠です。労働基準法では、就業規則を「常時各作業場の見やすい場所に掲示」するか「書面を交付する」方法等で周知することが義務付けられています。

特に1年単位の変形労働時間制では、年間カレンダーで各日の労働時間を事前に特定・周知しておくことが制度の有効要件となっています。年間カレンダーが未確定・未周知の状態で運用してしまうと、制度の効力が否定されるリスクがあります。

周知の方法としては、①社内掲示板への掲示、②書面での配布、③イントラネット・社内システムへの掲載などがあります。どの方法でも「従業員がいつでも確認できる状態」になっていることが重要です。

（4）所轄労働基準監督署への届出

変形労働時間制の種類によって、届出の要否が異なります。

• 1か月単位：就業規則に規定した場合は就業規則の変更届、労使協定で定めた場合は労使協定届（様式第3号の2）を提出
• 1年単位：労使協定届（様式第4号）の提出が必須。年間カレンダー等の添付書類も必要
• 1週間単位：労使協定届（様式第5号）の提出が必須
• フレックスタイム（清算期間1か月超）：労使協定届（様式第3号の3）の提出が必要

届出は、変形労働時間制を開始する前に行う必要があります。届出が遅れると、制度として有効に機能しない期間が生じてしまう可能性があります。

（5）中途入社・途中退職者の取り扱い

変形労働時間制の導入・運用において実務上よく問題になるのが、変形期間の途中で入社した従業員や、途中で退職した従業員の取り扱いです。

変形期間の全期間を通じて在籍していない場合、変形期間全体での「週平均40時間以内」という計算が成り立ちません。そのため、在籍した期間について、実際の労働時間と「週40時間×在籍週数」を比較し、超過分があれば時間外労働として割増賃金を支払う必要があります。

この計算は煩雑になりがちなため、給与計算システムで対応できる仕組みを整えておくか、手計算する場合は担当者が正確に処理できるようマニュアルを整備しておくことが重要です。

（6）年少者・妊産婦への適用制限

変形労働時間制には、適用が制限される労働者がいます。

18歳未満の年少者については、変形労働時間制を適用することができません（労働基準法第60条）。年少者がいる事業場では、変形労働時間制の対象者から除外して管理する必要があります。

妊産婦（妊娠中・産後1年以内の女性）が請求した場合は、1日8時間・週40時間を超えて労働させることはできません（労働基準法第66条）。変形労働時間制を採用している事業場でも、妊産婦が請求すれば、法定労働時間の範囲内での勤務に変更する必要があります。

育児や介護を行う労働者についても、事業場の規模等に応じて配慮義務が課される場合があります。これらの特例を見落とすと、法違反となるリスクがありますので、該当する従業員がいる場合は個別に対応を検討しましょう。

４　給与計算での残業代（割増賃金）の計算方法

変形労働時間制を採用している場合、残業（時間外労働）の判定方法が通常の労働時間制とは異なります。制度ごとの判定基準を正確に理解しておかないと、残業代の計算を誤る原因になります。

① 1か月単位の変形労働時間制の場合の残業判定

残業（時間外労働）と判定される時間

1か月単位の変形労働時間制では、以下のいずれかに該当する時間が時間外労働となります。重複カウントを避けるため、①→②→③の順に計算します。

• 1日単位：シフト等で8時間超と定めた日は所定時間を超えた時間、8時間以内と定めた日は8時間を超えた時間
• 1週単位：シフト等で40時間超と定めた週は所定時間を超えた時間、それ以外の週は40時間を超えた時間（1日単位で計算済みの時間を除く）
• 1か月単位：変形期間の総実労働時間が、法定の総枠時間を超えた時間（1日・1週で計算済みの時間を除く）

法定の総枠時間とは「40時間×変形期間の暦日数÷7」で計算します。例えば、変形期間が31日の月であれば「40×31÷7≒177.1時間」が法定の総枠時間となります。

② 1年単位の変形労働時間制の場合の残業判定

残業（時間外労働）と判定される時間

1年単位の変形労働時間制では、以下のいずれかに該当する時間が時間外労働となります。こちらも①→②→③の順に計算します。

• 1日単位：シフト等の所定労働時間を超えた時間（所定が8時間以内の日でも8時間を超えた場合を含む）
• 1週単位：所定労働時間を超えた時間（1日単位で計算済みの時間を除く）
• 1年単位（変形期間全体）：変形期間の総実労働時間が法定の総枠時間を超えた時間（1日・1週で計算済みの時間を除く）

1年単位の場合、変形期間が365日（1年）であれば法定総枠時間は「40×365÷7≒2085.7時間」となります。

なお、1年単位の変形労働時間制では、1か月単位と異なり、1日単位の残業判定において「所定が8時間以内でも8時間を超えた場合は1日単位での残業」と判定される点に注意が必要です。1か月単位では「8時間を超えた場合」のみ1日単位の残業ですが、1年単位は「所定時間を超えた場合（所定が7時間なら7時間超から）」が残業となるため、より細かい管理が必要です。

③ 割増賃金の計算方法

時間外労働と判定された時間には、通常の賃金に加えて25%以上の割増賃金を支払う必要があります（1か月60時間超の時間外労働については50%以上）。深夜労働（22時～翌5時）が重なる場合はさらに25%が加算されます。

割増賃金の計算に使う「1時間あたりの賃金」は、月給制の場合、基本給や各種手当（家族手当・通勤手当・住宅手当などの除外できる手当を除く）を月の所定労働時間で割って算出します。変形労働時間制では月ごとに所定労働時間が変動することがあるため、月の所定労働時間数の確認が重要です。

５　変形労働時間制を導入する際の注意点・よくある間違い

変形労働時間制は、正しく理解・運用できれば会社にとっても従業員にとってもメリットの大きい制度です。しかし、実務上は手続きや運用の誤りが多く、後からトラブルになるケースが後を絶ちません。ここでは、給与計算担当者が特に注意すべき落とし穴を詳しく解説します。

【よくある間違い①】「協定を結んだだけで周知していなかった」

労使協定を締結したとしても、従業員への周知が不十分だと労働時間の設定が無効となる可能性があります。変形労働時間制は、どの日・週に何時間働くかをあらかじめ特定しておくことが要件とされており、それが周知されていなければ制度として機能しません。

就業規則への明記はもちろん、年間カレンダーや月次のシフト表などを使って従業員が事前に自分の労働時間を把握できる状態にしておくことが重要です。周知が不十分なまま運用していると、後から「あの時間は残業だった」とトラブルになるリスクがあります。

過去の裁判例でも、変形期間開始後に初めてシフトを通知したケースや、シフト表の掲示が形式的で従業員が実際に確認できる状態になかったケースでは、変形労働時間制の効力が否定されています。「協定を結んだ」「就業規則に書いた」だけで安心せず、「従業員一人ひとりが自分の働く時間を事前に把握できているか」を常に確認する習慣をつけましょう。

対策：シフト表や年間カレンダーは変形期間の開始前に確定・配布し、受領確認のサインをもらう、または電子的な既読確認の仕組みを整えましょう。また、新入社員が入社した際には個別に制度の説明を行い、自分の労働時間を理解させることも大切です。

【よくある間違い②】「年間カレンダーを年途中で変更した」

1年単位の変形労働時間制では、変形期間中に年間カレンダー（労働日・労働時間の割り振り）を途中で変更することは原則として認められていません。

繁閑の見通しが変わったからといって安易にカレンダーを書き換えてしまうと、変更前の予定との差分が通常の労働時間制での残業として扱われ、多額の残業代が発生するケースもあります。年間カレンダーを作成する際は、可能な限り余裕を持ったスケジュールを組み、途中変更が生じないように計画的に策定することが大切です。

なお、「特別な事情」がある場合は変更が認められるケースもありますが、変更できるのは変更後の労働時間が変更前より短くなる場合（労働者に有利な変更）に限られるという見解が一般的です。変更を行う場合は、事前に労働基準監督署や社会保険労務士に相談することをおすすめします。

対策：年間カレンダーの策定にあたっては、繁忙期・閑散期の見込みを保守的に見積もり、想定外の業務量増加にも対応できるよう余裕を持たせましょう。また、過去の実績データを分析して、より精度の高い年間計画を立てることが重要です。

【よくある間違い③】「1日・1週・変形期間の3段階チェックを怠った」

変形労働時間制における残業の判定は、①1日単位→②1週単位→③変形期間全体の3段階で行います。この順番と計算方法を誤ると、残業代の過不足が生じます。

特に多いのが、「変形期間全体でトータルの労働時間が法定総枠以内だったから残業代ゼロ」と判断してしまうケースです。変形期間全体での時間が収まっていたとしても、特定の日・週に所定時間または法定時間を超えていれば、その分は時間外労働として割増賃金が発生します。

逆に、「1日8時間を超えたから全部残業」と誤って多く支払ってしまうケースもあります。シフトで10時間と定めた日に9時間しか働かなかった場合は残業ゼロです。正確な残業判定には、シフト上の所定時間と実際の勤務時間の両方を管理できる勤怠管理システムが不可欠です。

対策：給与計算ソフトや勤怠管理システムに変形労働時間制に対応した機能があるかを確認し、手計算での誤りが生じないようシステムで自動計算できる環境を整えることが理想的です。システム導入が難しい場合は、計算チェックリストや計算フォームを作成して、ダブルチェックの体制を組みましょう。

【よくある間違い④】「36協定を締結せずに時間外労働をさせていた」

変形労働時間制を採用している場合でも、時間外労働や休日労働を命じるためには、別途36協定（時間外・休日労働に関する協定）の締結と届出が必要です。

変形労働時間制の協定と36協定は、全くの別物です。「変形労働時間制の協定を結んでいるから残業もOK」という誤解をしている事業場が非常に多く、この点が未整備のまま時間外労働をさせてしまうと、労働基準法違反となります。

36協定には、時間外労働の限度時間（月45時間・年360時間）も定められており、変形労働時間制を採用していても、この上限を超えることは原則としてできません（特別条項を設ける場合を除く）。繁忙期に長時間労働が発生しやすい事業場では、36協定の内容も十分な余裕を持って設定しておく必要があります。

対策：変形労働時間制の協定と36協定は必ずセットで確認・管理しましょう。特に36協定の有効期間が切れていないか、毎年の更新を忘れていないかをチェックする仕組みを作ることが大切です。

【よくある間違い⑤】「休日の扱いを誤った」

変形労働時間制を採用している場合でも、法定休日（週1日または4週4日の休日）の確保は義務です。変形期間中に法定休日を与えずに働かせた場合は、休日労働として60%以上の割増賃金を支払う必要があります。

よくある誤りとして、「繁忙期だから仕方ない」と法定休日を付与せずに連続して勤務させてしまうケースがあります。1年単位の変形労働時間制では、連続勤務日数は原則6日以内（特定期間は12日以内）という制限があり、これを超えると法違反となります。

また、所定休日（会社が独自に定めた休日）と法定休日を混同してしまうケースも多いです。所定休日に出勤させた場合は休日労働の割増はありませんが、法定休日に出勤させた場合は35%以上（深夜が重なれば60%以上）の割増賃金が必要です。

対策：就業規則や年間カレンダーで「法定休日」と「所定休日」を明確に区別して定め、従業員にも周知しましょう。シフトを組む際には、法定休日の確保を必ずチェックする手順を組み込むことが重要です。

【よくある間違い⑥】「給与計算システムが変形労働時間制に未対応だった」

中小企業や個人事業主が給与計算ソフトを導入する際、変形労働時間制の複雑な残業計算に対応していないソフトを使っていることがあります。その場合、手計算で対応せざるを得ませんが、計算ミスが生じやすく、残業代の未払いや過払いが起きるリスクが高まります。

特に1年単位の変形労働時間制は計算が複雑です。年間を通じて各日の所定労働時間が異なる中で、1日・1週・変形期間全体の3段階の残業判定を毎月行うには、専用の計算ロジックが必要です。

対策：給与計算ソフトや勤怠管理システムを選定・更新する際には、変形労働時間制への対応可否を必ず確認しましょう。対応していない場合は、計算用のExcelシートを整備するか、社会保険労務士に外部委託することも検討してください。

６　まとめ

変形労働時間制は、適切に運用すれば企業と労働者の双方にとってメリットのある制度です。しかし、制度の理解不足や手続きの不備、運用上のミスが重なると、残業代未払いや労働基準法違反という深刻なリスクにつながります。ここでは本記事の内容を総括し、給与計算担当者として押さえておくべきポイントを整理します。

変形労働時間制のメリット

変形労働時間制の最大のメリットは、繁忙期と閑散期の差が大きい業種において、残業代コストを抑えながら効率的な人員配置ができる点です。

たとえば1年単位の変形労働時間制を導入している運送会社の場合、年末年始やお盆の繁忙期には1日10時間・週6日勤務としつつ、閑散期には1日6時間・週4日勤務とすることで、年間を通じた週平均労働時間を40時間以内に収めることができます。繁忙期の長時間労働分が「通常の賃金範囲内」となるため、同じ仕事量をこなしながら人件費の増加を抑えられます。

また、従業員にとっても、閑散期に短時間勤務ができるというメリットがあります。フレックスタイム制であれば、日々の出退勤時間を自分でコントロールできるため、育児・介護・通院などのライフイベントに合わせた働き方が実現しやすくなります。

変形労働時間制のデメリット・リスク

一方で、変形労働時間制にはデメリットやリスクも存在します。

まず、制度が複雑なため、担当者が正確に理解していないと誤った運用になりやすいというリスクがあります。特に残業の判定が3段階にわたる点や、制度ごとに異なる上限規制など、通常の労働時間制に比べて管理コストが高くなる面があります。

次に、年間カレンダーの途中変更が原則できないため、業務計画の変更があっても柔軟に対応しにくいというデメリットもあります。特に受注型のビジネスモデルでは、クライアントの都合で仕事量が急に増えるケースもあり、事前計画との乖離が生じやすいです。

また、従業員にとっては、「繁忙期に長時間働いても残業代が出ない」という点が不満の種になることもあります。制度の趣旨をきちんと説明し、閑散期のメリット（短時間勤務）とセットで理解してもらうことが重要です。

給与計算担当者として押さえておくべき7つのチェックポイント

最後に、給与計算担当者として日々の実務で確認すべき7つのチェックポイントをまとめます。

1. 労使協定・就業規則の有効期間を確認する｜協定の有効期間が切れていないか、毎年チェックする習慣をつける
2. 年間カレンダー・シフト表が変形期間開始前に確定・周知されているか確認する｜後出しのシフトは制度の効力を失わせるリスクがある
3. 残業の3段階判定（1日→1週→変形期間全体）を正確に行う｜段階ごとにカウント済みの時間を除外することを忘れずに
4. 36協定が変形労働時間制とは別に締結・届出されているか確認する｜36協定なしの時間外労働命令は法違反
5. 法定休日が毎週（または4週4日）確保されているかチェックする｜繁忙期でも法定休日は省略できない
6. 中途入社・途中退職者の残業計算を個別に行う｜変形期間の全期間在籍していない場合は特別な計算が必要
7. 年少者・妊産婦には変形労働時間制を適用しない（または適用制限を守る）｜対象外となる従業員を見落とさないよう管理リストを作成する

変形労働時間制は、正しく理解して適切に運用すれば、会社の人件費削減と従業員のワークライフバランス向上の両立を実現できる有効な制度です。しかし、一つひとつの手続きや計算を丁寧に行わないと、後から大きな問題に発展することがあります。

給与計算担当者として不安な点がある場合は、社会保険労務士や労働基準監督署に相談することをためらわないでください。複雑な制度だからこそ、専門家の力を借りながら正確な運用を心がけることが大切です。

本記事が、変形労働時間制の理解と実務の助けになれば幸いです。引き続き、給与計算・労務管理に役立つ情報を発信していきますので、ぜひまた読みにきてください。